1.痛经
痛经的特点为继发性和进行性加重。患者可在月经初潮的几年内无痛经症状，而后会开始出现经期腹痛，并且逐年加剧。疼痛多在下腹、腰骶部或腰背部，还可放射至阴道、会阴、肛门及大腿部，常常是从月经来潮前的1-2天开始，在经期的第一天最为剧烈，让人难以忍受，以致影响日常的生活及工作。
2.不孕
异位的子宫内膜使盆腔发生广泛粘连，使输卵管向子宫腔运送卵子受到很多的影响，因而不能怀孕。除此，异位的子宫内膜使卵巢功能的失调，不能正常将卵子排出，也影响了怀孕。
3.巧克力囊肿
子宫内膜虽然跑到了子宫外面，种植在其他的器官或组织上，但它们会像正常部位的子宫内膜一样，回应卵巢激素所发出的信号，即到了生理期，也会发生周期性的脱落和出血。然而，这些血液不能像子宫内的经血一样可以通过子宫颈口排出，而是被关在异位的局部不断地积累，引起所在部位的病变，并引起相应的症状。如果血液积存于卵巢内不能排出，月复一月就会形成巧克力的囊肿。巧克力囊肿不及时治疗就会越长越大，超于7厘米时便可能会引起破裂，造成急腹症，或是有些转化为恶性肿瘤。
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